1939年3月，日军侵占南昌，赣北沦陷，江西省政府被迫南迁至吉安泰和县。1940年10月31日，江西省政府在泰和县杏岭村创办了国立中正大学。因财政经费紧张，1943年3月16日，国立中正大学决定采用私立办学模式，创办私立正大中学。1950年2月，由国立中正大学更名而来的南昌大学迁入城东青山湖畔，与此同时附设业余中学，私立正大中学并入南昌大学附设业余中学。

1953年10月，南昌大学被撤销，决定成立江西师范学院，以培养基础教育师资，同时筹备建立江西师范学院附属中学。1954年3月25日，江西师范学院附属中学筹委会成立。11月21日，江西省人民政府主席邵式平签署了任命通知，任命孙紫云为江西师范学院附属中学第一副校长。1956年暑期高中开始招生。这一阶段，基本完成了建校初期的规划，形成了学校的早期办学规模。

60年代初，校园建设速度加快，教育教学质量在全市排位继续上升，特别是1964年高考取得小翻身，达到中上水平。1968年学校迁到靖安，到1973年才得以复校，重新搬回南昌，归属江西师范学院序列。复校后，学校经历了一个从无到有、由乱到治的二次创业过程。1977年，高考首次“大捷”，接连几年高考都取得优异成绩。1978年，附中被南昌市教育主管部门列为具有高中择优录取资格的学校，翻开了附中历史崭新的一页。

1978年，党的十一届三中全会召开，拉开了改革开放的伟大序幕。附中人与时俱进，大胆创新，实现了“迈入正轨、走向名校”的跨越发展。1980年，刘运来老师被评为江西省首批特级教师。同年，国务院授予其“全国劳动模范“称号。1983年，刘运来老师当选第六届全国人大代表，并连任第七届全国人大代表，后又当选第八、九、十届全国政协委员。

1983年，江西师范学院附属中学更名为江西师范大学附属中学。1986年学校被江西省教育厅批准为首批重点中学。1996年被评为江西省首批优秀重点中学。至2000年，学校内部改革发展步伐加快，办学规模有序扩大，各项工作跨入加速发展的快车道，进入一个崭新的发展时期。

2001至2011年，附中开始了集团化办学的探索，2002年创办江西育华学校，2009年创办滨江校区。学校各项工作蒸蒸日上，发展迅速，进入全面辉煌的阶段。这一时期，学校提炼了办学理念--“一训三风，谱写了《江西师大附中校歌》，文化强校，蔚然成风。高考成绩连续稳居全省前列，成为省市状元摇篮，学科竞赛硕果累累，体育艺术全面开花。学校被评为“中国百强中学”，位列“江西人民最满意的十大中学”之首，发展成为享誉省内外的优秀重点中学。

2012年，党的十八大以来，中国特色社会主义进入新时代。新时代新征程，附中人展现出新气象新作为，奋力谱写了新时代教书育人的华丽篇章。这十年来，附中的办学虽然面临诸多挑战，但在机遇、困难面前，附中人始终脚踏实地、科学施策、任劳任怨、甘于奉献，培养了大量优秀人才。学校积极落实立德树人根本任务，变革教学方式，形成内涵发展、特色发展和创新发展的基本格局，继续引领江西省基础教育。

附中人始终秉持“为党育人、为国育才”的教育初心，全面激发“撸起袖子加油干”的创业状态。学校拔尖创新人才培养稳居全国一流，中高考捷报频传，育华学校顺利改制，赣江院分校服务国家重大发展战略，树起赣州基础教育新标杆，创办高新校区、瑶湖分校和赣州新世纪学校，接管瑶湖分校二部和三部，接管新龙分校、滨江分校二部，集团化办学和多赛道发展全面发力，附中由此开启了“集团化、多赛道、高品质”的高质量发展新时期。作为新时代的附中人，要找到属于自己的赛道并持续深耕，乘着党的二十大春风，建功新征程，跑好“接力赛”，走好“赶考路”，当好“答卷人”。